Subsistent ainsi essentiellement :
• le financement des cultes. Évêques, curés, pasteurs, rabbins et autres ecclésiastiques, sont rémunérés sur le budget national (pour un total annuel de plus de 55 millions d’euros). À cela s’ajoutent les financements par les communes : presbytères, entretien des lieux de culte, participation aux budgets des paroisses… On notera que la non application de la loi de 1905 permet aux collectivités publiques de subventionner d’autres cultes, notamment l’islam.
• L’organisation publique des cultes. Il n’y a pas, pour les cultes reconnus (catholique, protestants, juif) d’associations cultuelles comme dans la France de l’Intérieur, mais des établissements publics des cultes : ainsi le conseil de fabrique pour les paroisses catholiques, conseil où siège le maire de la commune.
• La nomination des prélats, souvent réduite à une simple formalité.
L’enseignement - Le code de l’Éducation n’évoque que l’enseignement primaire où « la durée hebdomadaire de la scolarité des élèves […] est fixée à vingt-quatre heures et comprend obligatoirement une heure d’enseignement religieux » (Art. D481-2). Cet enseignement ne concerne que les cultes dits reconnus. Il s’agit de l’application du principe de la loi Falloux de 1851, évoquée supra.
Il aura fallu, en 2001, que le Conseil d’État exhume un obscur texte allemand (l’article 10A de l’ordonnance du 10 juillet 1873, modifié par l’ordonnance du 16 novembre 1887 !) pour trouver une justification juridique à l’organisation obligatoire d’un enseignement religieux dans le secondaire. Ce texte dispose en effet que « dans toutes les écoles, l’enseignement et l’éducation doivent tendre à développer la religion, la moralité et le respect des pouvoirs établis et des lois ».
Depuis 1918, un système de dispense de cet enseignement religieux a, petit à petit, été mis en place. De ce fait, l’évolution assez récente de la société a conduit à une érosion considérable du nombre des élèves réellement inscrits à ces cours de religion. En moyenne, pour les trois départements, et avec d’importantes disparités locales, il y a aujourd’hui un peu plus de 50 % d’inscrits au primaire, moins de 20 % au collège, moins de 10 % au lycée (2 % en Moselle).
L’enseignement supérieur - Dès le début de l’annexion, l’Empire allemand crée une faculté de théologie protestante à Strasbourg. Et, le 5 décembre 1902 une faculté catholique, par une convention avec le Vatican, qui précise notamment que « avant d’entrer en fonctions, les professeurs auront à faire la profession de foi entre les mains du doyen, suivant les formes et règles de l’Église » et que « Si la preuve est fournie par l’autorité ecclésiastique qu’un des professeurs doit être considéré comme incapable de continuer son professorat soit pour manque d’orthodoxie, soit en raison de manquements graves aux règles de vie et de conduite d’un prêtre, le Gouvernement pourvoira, sans délai, à son remplacement … ».(Articles 3 et 5)
Cette convention a été avalisée par la République française en 1923… et les deux facultés de théologie, protestante et catholique, sont aujourd’hui totalement intégrées à l’université publique strasbourgeoise, UNISTRA. Le 13 décembre 2016, un ecclésiastique, professeur de dogmatique à la faculté de théologie catholique, ancien doyen de celle-ci, a été élu président de l’Université.
Plus tardivement, en 1974 à Metz, en Moselle, une convention entre la République et le Vatican crée un Centre autonome d’enseignement de pédagogie religieuse, aujourd’hui au sein de l’Université de Lorraine.
Le délit de blasphème - Ces dispositions du code pénal local n’ont été très que récemment abrogées en janvier 2017, par la loi Égalité Citoyenneté.